Lærkehøj er stadigvæk et ungt hus; det stod færdigbygget den 1. august 2002.

KFUKs Sociale Arbejde havde året inden besluttet at bygge Lærkehøj på samme grund som Lindevangen, og byggeriet begyndte i efteråret 2001. Lærkehøj lukkede dørene op for de første beboere den 2. september 2002. Den 20. september 2002 blev Lærkehøj officielt åbnet med deltagelse af socialminister Henriette Kjær og Frederiksberg Kommunes borgmester Mads Lebech.

Natvarmestuen åbnede en måned senere. De første par måneder var der kun få overnattende, men da kendskabet til varmestuen havde spredt sig, steg besøgstallet hurtigt. Natvarmestuen har i mange år haft tæt på fuld belægning hver nat.

Lærkehøjs drift blev de første tre år delvist finansieret af en national hjemløsepulje, men i 2005 overtog Frederiksberg Kommune hele finansieringen.

I 2009 blev Frederiksberg en af de otte udvalgte kommuner, som kom med i den nationale hjemløsestrategi. Kommunen udarbejdede en Hjemløseplan, hvor herbergerne Lindevangen og Lærkehøj fik centrale roller.

I august 2013 udløb den nationale hjemløsestrategi. I Frederiksberg Kommune blev Akutboligerne og Carpe Diem gjort permanente, og de er i dag en fast del af tilbuddene på Lærkehøj.